La génomique dans l’aide à la décision en conservation
Lorsque l’on veut conserver une population, le phénomène que l’on cherche à éviter ou à contrer est le vortex d’extinction.
Les marqueurs génétiques permettent d’avoir un bon aperçu de « l’état de santé » des populations. Mais la génomique (étude du génome complet) donne d’autres clés pour adapter la prise de décision en matière de conservation.
L’étude du génome complet permet notamment d’évaluer deux phénomènes supplémentaires :
Cela permet de répondre aux questions suivantes :
- La population de petite taille présente-t-elle un grand risque de dépression de consanguinité ?
- Quelle est la probabilité d’introduire un allèle délétère dans ma population receveuse dans le cas d’un renforcement de population ?
Exemple du Loup d’Abyssinie
Le loup d’Abyssinie est l’une des espèces les plus menacées d’extinction avec seulement 440 individus restant dans la nature et une distribution extrêmement fragmentée.
En 2022, J. A. Mooney et al. ont séquencé le génome de 10 loups pour évaluer son état de conservation en comparaison avec d’autres canidés, dont le chien domestique, par définition très consanguin du fait de la sélection artificielle.
Qu’est-ce que cela nous apprend ?
La faible diversité génétique du Loup d’Abyssinie est le fruit d’une longue persistance au sein de petites populations. Pourtant, il présente un faible risque de dépression de consanguinité. La persistance de cette espèce est permise à la fois par l’éviction de la consanguinité lors de la reproduction et par la purge des allèles délétères par sélection naturelle.
Ce cas est intéressant car il présenterait un risque faible d’impact négatif en cas de renforcement des populations. Malheureusement, aucune population en captivité en permet de l’envisager à l’heure actuelle.
Pour aller plus loin, n’hésitez pas à consulter : Mooney, J. A., Marsden, C. D., Yohannes, A., Wayne, R. K., & Lohmueller, K. E. (2023). Long-term small population size, deleterious variation, and altitude adaptation in the Ethiopian wolf, a severely endangered canid. Molecular Biology and Evolution, 40(1), msac277.
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