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La génomique dans l’aide à la décision en conservation
Comprendre les menaces pesant sur les petites populations
Lorsqu’une population décline, le principal danger à contrer est le vortex d’extinction – un cercle vicieux où la réduction des effectifs accentue les risques génétiques, démographiques et environnementaux, menant inéluctablement à la disparition de l’espèce.
Si les marqueurs génétiques classiques offrent un premier diagnostic de la « santé » d’une population, la génomique (étude du génome complet) apporte des réponses bien plus précises. Elle permet notamment d’évaluer deux phénomènes critiques :
- La dépression de consanguinité : risque accru de maladies ou de baisse de la fitness dû à l’appariement entre individus apparentés.
- La charge en mutations délétères : accumulation d’allèles néfastes qui peuvent compromettre la survie à long terme, dans un contexte d’isolement des populations et donc de risque élevé de consanguinité.
Ces informations sont essentielles pour guider les stratégies de conservation, notamment en répondant à des questions cruciales :
- Cette petite population court-elle un risque élevé d‘extinction ?
- Quel est le risque d’introduire des allèles délétères lors d’un renforcement de population ?
Le cas emblématique du Loup d’Abyssinie
Avec seulement 440 individus répartis en populations extrêmement fragmentées, le Loup d’Abyssinie (Canis simensis) figure parmi les canidés les plus menacés au monde. En 2022, une étude menée par J. A. Mooney et son équipe a séquencé le génome de 10 individus pour comparer leur état génétique à celui d’autres canidés, dont le chien domestique – espèce volontairement consanguine en raison de la sélection artificielle.
Des enseignements surprenants
Contrairement aux attentes, cette espèce présente une faible diversité génétique, mais un risque limité de dépression de consanguinité. Comment expliquer cette résilience ?
- Hétérogamie : ces résultats révèlent un comportement d’éviction de la consanguinité lors de la reproduction.
- Purge des allèles délétères : la sélection naturelle a progressivement éliminé les mutations les plus dommageables au fil des générations.
Cette découverte est majeure : elle suggère que des renforts de population pourraient être envisagés avec un risque génétique faible pour l’espèce. Malheureusement, l’absence actuelle de populations captives rend impossible la mise en œuvre de telles mesures.
Pourquoi cet exemple est-il important ?
Il illustre comment la génomique peut révolutionner la gestion des espèces menacées, en identifiant des populations résilientes malgré leur petite taille, et en éclairant les décisions de renforcement ou de translocation. Une approche novatrice et très utile pour adapter les actions de conservation aux réalités biologiques de chaque espèce.
Pour aller plus loin, n’hésitez pas à consulter: Mooney, J. A., Marsden, C. D., Yohannes, A., Wayne, R. K., & Lohmueller, K. E. (2023). Long-term small population size, deleterious variation, and altitude adaptation in the Ethiopian wolf, a severely endangered canid. Molecular Biology and Evolution, 40(1), msac277.