Nos méthodes et expertises
Vous trouverez sur cette page un descriptif de certaines des méthodes que nous permettent de mener à bien nos études au service de la biodiversité, ainsi que des liens vers des articles, si vous souhaitez en savoir plus.
Génétique et génomique de la conservation
L’ADN, support de l’information génétique, est une mine d’informations précieuses sur les espèces. Le travail du généticien de la conservation est de traduire ce code complexe en données utilisables pour la gestion de la biodiversité. Ces dernières pourront être obtenues au niveau des gènes (génétique) ou désormais, à l’échelle du génome (génomique), grâce aux progrès technologiques très rapides dans cette discipline.
Le séquençage de l’ADN est possible depuis les années 1970. Mais à partir de 2005, des méthodes de séquençage nouvelle génération (Next Generation Sequencing, NGS) se sont développées. En 2003, le premier génome humain séquencé avait demandé pas moins de 13 années de travail et 3 milliards de dollars. A peine 6 ans plus tard, ce coût a été réduit à 20 000 dollars. En 2015, il ne fallait plus que quelques jours et 1 000 dollars pour séquencer un génome humain.
Ce coût faible et cette facilité de mise en oeuvre ont permis d’étudier des espèces qui ne sont pas classiquement des modèles biologiques, tels que l’humain ou la drosophile. Cela a ouvert la voie à la la génétique de la conservation et du paysage. Les études issues de ces deux disciplines apportent des bases scientifiques fortes à la gestion conservatoire, pour appuyer ses projets auprès des décideurs politiques.
Ces compétences, autrefois réservées aux laboratoires de recherche à cause de leur haute technicité, ont aujourd’hui toute leur place dans un bureau d’études comme BiodivConnect, qui travaille en partenariat avec des chercheurs et des prestataires de la biologie moléculaire.
Pour en savoir plus sur, lisez notre article
Maintenir ou restaurer la connectivité écologique est un axe essentiel pour freiner, voire inverser le déclin de la biodiversité. Son état fonctionnel est un facteur majeur du succès de nombreux processus écologiques, tels que la recherche quotidienne de nourriture, la migration, la reproduction et le maintien de la diversité génétique ou encore, la possibilité de rechercher des conditions de vie favorables dans le contexte de réchauffement climatique.
Les méthodes d’étude de la connectivité écologique sont en progrès constant et tendent à intégrer de plus en plus de réalisme biologique et paysager dans la modélisation.
La modélisation de la connectivité peut se baser sur les caractéristiques du paysage en lui-même pour évaluer ou quantifier la connectivité structurelle, notamment en utilisant la théorie des graphes, intégrée au sein du programme GRAPHAB (Graphab, Foltête, Clauzel et Vuidel, 2012). Cette théorie est appliquée dans de nombreux domaines comme la médecine, les transports ou les neurosciences. En écologie, elle est utilisée pour étudier notamment les réseaux trophiques, les interactions plante/pollinisateur et hôte/parasite, mais également en écologie du paysage pour modéliser des réseaux de taches d’habitat localisées dans l’espace à l’aide de graphes paysagers.
La connectivité écologique peut aussi être modélisée du point de vue fonctionnel, c’est-à-dire du point de vue des espèces et de l’utilisation qu’elles font des éléments qui constituent le paysage pour réaliser leur cycle de vie. SIMOÏKO, un logiciel très agile, mis au point et constamment amélioré par l’entreprise Terroïko (www.terroiko.fr), permet notamment d’évaluer les flux entre les habitats mais également la taille et la stabilité des populations des espèces étudiées.
L’étude de la connectivité écologique est utile et souvent réglementaire pour les projets d’aménagements du territoire, urbain ou rural. Elle s’adresse à différents secteurs d’activités : planification urbaine ou industrielle, gestion des espaces naturels, infrastructures de transport ou d’énergie, évaluation des politiques d’aménagement….
Etude et cartographie des trames écologiques
Un exemple de modélisation de la connectivité est dans notre article
Modélisation des habitats potentiels des espèces
La compilation de données naturalistes d’observation, au sein de bases de données informatiques, a permis de développer des techniques de modélisation de la distribution potentielle des espèces. Ces dernières permettent de cartographier des espaces dont l’environnement est favorable à la présence d’une espèce.
Ainsi il est possible, en combinant des données de présence d’une espèce, voire d’absence (l’espèce n’a plus été observée depuis longtemps sur une station donnée) ou de pseudo-absences (générées par ordinateur), avec des variables environnementales (bioclimatiques, d’habitats, physiques, de co-occurrence avec une autre espèces, etc.), de prédire l’existence d’un habitat favorable dans une zone d’étude.
Les résultats obtenus grâce à cette modélisation sont très utiles et ont de nombreuses applications en gestion de la biodiversité : définir les réservoirs de biodiversité sur la base de données réelles, dans le cadre de la cartographie des trames écologiques, guider l’échantillonnage d’une espèce connue ou favoriser la détection de nouvelles espèces, définir une aire protégée pour une ou plusieurs espèces menacées, guider les mesures de réintroduction ou de translocation, etc.
L’un des principaux avantages de cette méthode est son caractère prédictif. En projetant les résultats sous différents scénarios d’évolution du climat, des activités anthropiques et des aménagements, elle permet de mesurer l’évolution des habitats potentiels d’une espèce dans le passé, en particulier du point de vue climatique, mais également d’anticiper les impacts de nos activités sur la biodiversité.
Au service de vos projets pour la biodiversité 